L’area racchiusa nel perimetro del Parco include una grande diversità territoriale e paesaggistica, comprendendo nuclei storici, centri urbani e suburbani, aree agricole e verdeggianti bellezze naturali come la Valle del Giongo e i versanti dei colli di Bergamo.

È in questo variegato mosaico di ambienti che è ancora oggi conservato un prezioso patrimonio faunistico e floristico, il cui studio e la cui salvaguardia sono da sempre tra i principali obbiettivi del Parco.
Nel Parco dei Colli sono fin ora state rilevate:
–  più di 400 specie di piante
–  circa 40 di mammiferi
–  circa 160 di uccelli
–  10 di rettili
–  11 di anfibi
–  10 di pesci
a questi vanno aggiunti migliaia di specie di insetti e altri invertebrati.
Nel complesso 5.000 potrebbe essere una stima per difetto del numero delle specie potenzialmente presenti nel Parco.